清乾隆四十九年（公元1785年），噶玛噶举红帽系第十世活佛确朱嘉措外逃到廓尔喀国（今尼泊尔），并挑唆廓尔喀国王发兵西藏。廓尔喀人第一次侵藏获利不多，到乾隆五十六年，廓尔喀兵再次入侵西藏，将扎什伦布寺洗掠一空后，又攻打日喀则宗城堡。乾隆皇帝派嘉勇公福康安为大将军，率兵入藏，由日喀则一路南下，将廓尔喀兵逐出西藏，并挟军威，一路扫荡，最后兵临廓尔喀首都加德满都城下。廓尔喀国王投降，并将确朱嘉措的尸骨、妻小及掠去的扎什伦布寺部分财物一并送至福康安军前，表示永不敢犯边界，还许诺向大清国五年一朝贡。
福康安班师西藏后，按乾隆皇帝旨意对西藏事务进行了整饬，严惩确朱嘉措的叛国行为，废除了噶玛噶举红帽系活佛转世，查抄了该系的寺庙和财产，并强令其所属百余名红帽喇嘛改奉黄教。从此，噶玛噶举红帽系在西藏销声匿迹，不复存在。为使西藏长治久安，对外不受外人侵扰，对内治理有法可依，乾隆皇帝派人与达赖、班禅的僧俗要员商议，制订出《钦定二十九条章程》。该章程使清王朝治理西藏的制度更加完善，得到西藏上层由衷地拥护。
《钦定二十九条章程》第一条就立下了金瓶掣签制度，关于寻找活佛及呼图克图灵童的问题。依照藏人旧例，确认灵童必问卜于四大护法，如此难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问之活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼像前正式认定。假若找到的灵童仅只一名，亦须将一个有灵童的名字的签牌，和一个没有名字的签牌，共同放置瓶内，假若抽出没有名字的签牌，就不能认定已寻得的儿童，而要另外寻找。达赖和班禅额尔德尼像父子一样，认定他们的灵童时，亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行。这些都是大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄假作弊。这个金瓶常放在宗喀巴佛像前，需要保护净洁，并进行供养。
按历史定制，藏传佛教大活佛的转世灵童须经金瓶掣签认定，唯独噶玛噶举派的活佛噶玛巴例外，其转世灵童主要是由上一世噶玛巴的遗嘱来认定，但必须经过中央政府的批准。
自清王朝至民国的200多年间，仅西藏一地，就有格鲁、噶举、宁玛三派的39个活佛转世系统70余名活佛通过金瓶掣签认定。